Stichting Combiwel Amsterdam fungeert als holding voor de werkmaatschappijen Combiwel Welzijn BV, Combiwel Brede School BV en Combiwel Projecten BV. De organisatie heeft een Raad van Bestuur en directie voor de dagelijkse aansturing en een Raad van Toezicht op afstand. Het bedrijfsbureau met de afdelingen administratie, facilitair, ICT, beleid, secretariaat en communicatie ondersteunt de bestuurder, de directies en het management.